肺血管病包括肺血栓栓塞、肺動脈高壓以及肺血管炎等疾病。北京協和醫院呼吸科肺血管病組由已故知名呼吸病專家陸慰萱教授在2001年創辦，是國內肺栓塞及肺動脈高壓診治最早單位之一，參與骨科手術預防性抗凝指南的編寫，推動了國內肺栓塞的規范診治和預防；專業組先后承擔了肺血栓栓塞相關的國家十五科技攻關項目、十一五和十二五科技支撐計劃項目。該學組在特發性肺動脈高壓和肺血管炎等領域均有深入的探索。本學組施舉紅教授在系統性血管病肺受累，包括顯微鏡下多血管炎，嗜酸性細胞肉芽腫性血管炎肺受累診治方面積累了豐富的經驗。在國內首次對肺部彌漫性疾病診斷方法進行了評價，包括經支氣管鏡肺活檢，CT引導下經皮肺活檢，胸腔鏡肺活檢及支氣管肺泡灌洗液在彌漫性肺疾病診斷中的陽性率，適應癥，并發癥進行了系統評估。對結締組織疾病相關肺受累，包括皮肌炎肺受累，干燥綜合征肺受累亦有豐富診治經驗。